В 1744 году Оренбург стал центром вновь образованной губернии. В инструкции Сената от 15 марта говорилось: «...быть в Оренбурге губернии и именоваться Оренбургская губерния и в ней губернатором тайному советнику Неплюеву». В ведении губернатора были все новопостроенные крепости по пограничной линии, Исетская провинция «с зауральскими башкирами», Уфимская провинция «со всеми башкирскими делами». «Ему же, губернатору,— отмечалось в инструкции,— ведать и киргиз-кайсацкий народ, и тамошние пограничные дела». Вскоре в ведение оренбургского губернатора поступили также ставропольские крещеные калмыки и Яицкое казачье войско. Как показывает «Карта генеральная Оренбургской губернии и смежных с нею мест», составленная в 1755 году «при оренбургских географических делах», граница губернии доходила на севере до рек Исети и Камы, на западе у Самары и Ставрополя — до Волги, шла несколько западнее реки Яик в нижнем ее течении, на юге доходила до Каспийского и Аральского морей, на востоке — до реки Тобол и восточных пределов территории кочевий Средней казахской Орды.
В Оренбурге находились губернатор, его канцелярия, другие учреждения. Первым оренбургским губернатором стал И. И. Неплюев, занимавший этот пост с 1744 по 1758 год. В своей деятельности этот энергичный и дальновидный правитель основное внимание уделял военно-политическому и хозяйственному развитию обширного и тогда еще слабо освоенного края.