Крестьянская война показала, по словам А. С. Пушкина, «необходи­мость многих перемен». Правительство стало принимать меры по укреплению власти на местах, и, прежде всего, в Оренбургском крае. Рескриптом Екатерины II от 1 мая 1774 года жители Оренбурга были на два года освобождены от платежа подушной подати и получили на нужды городского общества сбор от питейных заве­дений.

По «высочайшему» повелению от 15 января 1775 года Яицкое войско за деятельное участие в Пугачевском вос­стании и «для предания всего случившегося полному забвению» было переименовано в Уральское, река Яик — в Урал и Яицкий городок — в Уральск.

Начали осуществляться и административные преобра­зования. Указом от 23 декабря 1781 года было образо­вано Уфимское наместничество в составе двух облас­тей — Оренбургской и Уфимской. Главным городом на­местничества стала Уфа, а Оренбург остался военным центром края. Города Самара и Ставрополь, входив­шие ранее в Оренбургскую губернию, отошли к Симбир­скому наместничеству, Уральское казачье войско с горо­дами Уральском и Гурьевым — к Астраханской губер­нии.

По указу от 14 января 1782 года в Оренбурге «для отправления пограничных дел» была образована Погра­ничная экспедиция, возглавлявшаяся обер-комендантом. В ее ведении находилось управление оренбургскими киргизами (казахами). 3 октября 1786 года кроме того в Оренбурге же открыт Пограничный суд по граждан­ским и уголовным делам, а в самой Киргизской степи — Расправы.

19 марта 1799 года вместо Экспедиции погранич­ных дел, Пограничного суда и Расправы была учреждена Оренбургская пограничная комиссия. Она стала своеоб­разным филиалом центрального внешнеполитического ведомства — коллегии, а затем Министерства иностран­ных дел и просуществовала до 1862 года.

В 1796 году взамен Уфимского наместничества была снова образована Оренбургская губерния, состоящая из десяти уездов. С 1797 года центром губернии стал Оренбург. В ведении оренбургского губернатора находи­лись губернское правление, палата гражданского и уго­ловного суда, приказ общественного призрения, шесть городнических правлений и 10 уездных судов, а также все военные и пограничные дела.

Но в январе 1802 года из-за недостатка зданий для казенных учреждений центр губернии снова был переведен в Уфу, а Оренбург стал уездным городом и рези­денцией военного губернатора.